Оборудование

Перечень научного оборудования ЦКП «Протеомный анализ»

  1. Электрофорез в комплекте (2006, Bio-rad Laboratories, США).
  2. Система для двумерного электрофореза белков в комплектации (2008, Bio-rad Laboratories, США).

Комплектующие систем электрофореза:

  • Система для изоэлектрофокусировки белков в геле PROTEAN IEF Cell — электрофорезная установка для разделения белков по их изоэлектрическим параметрам в геле для стрипов различной длины и диапазонов рН.
  • Системы для изофокусировки белков Protean II xi 2D Electrophoresis Cell и Mini Protean 2D Electrophoresis Cell — электрофорезные установки для разделения белков по их изоэлектрическим параметрам в геле в стеклянных трубочках различной длины и толщины.
  • Системы для двумерного электрофореза MiniProtean 3 Electrophoresis Cell и Protean 2 D xi and XL Cell — камеры для вертикального электрофореза малого и большого размеров для разделения белков по массе.
  • Системы для двумерного электрофореза MiniProtean 3 Dodeca Cell и Protean 2 D xi and XL Multi Cell — камеры для вертикального электрофореза малого и большого размеров для разделения белков по массе, позволяющие одновременно работать с количеством гелей до 12 штук.
  • Устройства Model 485 Gradient Former и Model 495 Gradient Former для формирования градиента плотности геля объемами 40 175 мл и 100 1500 мл, соответственно с перистальтическим насосом Model EP Econo Pump позволяет делать полиакриламидные гели среднего и большого размера с градиентным распределением плотности.
  • Камеры для заливки одновременно нескольких гелей малого (MiniProtean 3 Multi Casting Chamber) или большого (Protean 3 Multi Gel Casting Chamber) размера для вертикального электрофореза.
  • Источники питания PowerPack различной мощности для обслуживания системы для изоэлектрофокусирования белков в геле и электрофоретического разделения белков по массе в геле малого и большого размеров, дестайнера, и электроэлюции.
  • Системы для окрашивания Dodeca Stainer и отмывки гелей Model 556 Gel Destainer, позволяющие одновременно работать с 12 гелями.
  • Прибор MicroRotofor Cell для проведения препаративной изоэлектрофокусировки белков по pi в растворе малых объемов (2,5 мл).
  • Прибор для регистрации изображений VersaDoc Model 4000, позволяющей детекцию изображения в ультрафиолетовом и белом свете с использованием стандартных фильтров 520LP, 530DF70, 610LP. Прибор оснащен высокочувствительной 3,2 мегапиксельной CCD камерой.
  • Прибор EXQuest Spot Cutter для вырезания бандов и точек из флюоресцентно или колориметрически окрашенных одно- и двумерных гелей или блотов с целью их дальнейшего анализа. Возможно визуализировать до 4 гелей одновременно и вырезать до 600 точек в час.
  • Для анализа данных по одно и двумерным изображениям возможно использование программного обеспечения Quantity One 1 D Analysis Software PDQuest Advanced 2D Analysis Software.
  • Система очистки воды DIRECT-Q5, Millipore — высокопроизводительная система для получения воды двух типов (III тип – чистая вода и I тип – сверхчистая вода). Вода типа 3 необходима для питания лабораторного оборудования, ополаскивания лабораторной посуды, приготовления некритичных растворов, питания систем для получения воды типа 1. Применение воды типа 1: все критические лабораторные задачи, инструментальные методы анализа: высокоэффективная жидкостная хроматография с масс-спектрометрическим детектором, капиллярный электрофорез, приготовление холостых проб и стандартных буферных растворов для спектроскопии, спектрофотометрии или других аналитических методов, а также клеточная и молекулярная биология, двумерный электрофорез, токсикологические исследования и др.

 

  1. Комплект оборудования для выделения и фракционирования биологических объектов в составе:
  • Высокопроизводительная центрифуга Avanti J-30I (2014, Beckman Coulter, Inc., США) — диапазон скорости от 100 до 30000 об/мин (с шагом 10 об/мин); диапазон времени от 1 мин до 99 час 59 мин; диапазон температуры от -20°C до +40°C (с шагом 1°C); угловой ротор JA 30.50TI, титановый, с биобезопасной крышкой, максимальная скорость 30 000 об/мин, максимальное ускорение не менее 108 860 g, с емкостью не менее 400 мл. (8х50мл); бакет-ротор JS-24.15, алюминиевый, бакеты титановые, рассчитанный на максимальную скорость не менее 24 000 об/мин, максимальное ускорение не менее 110 500 g, с емкостью не менее 90 мл (6 х 15мл); бакет-ротор SW 40 Ti, алюминиевый, бакеты титановые, максимальная скорость не менее 40 000 об/мин, максимальное ускорение не менее 285 000 g, с емкостью не менее 84 мл (6 х 14мл); автоматическая идентификация ротора; автоматический мягкий старт; память до 30 пользовательских программ, функция медленного старта,12 режимов ускорения и 13 режимов торможения; возможность заполнения пробирок без уравновешивания.
  • Мешалка магнитная Daihan SMHS-6 (2014, Daihan Scientific Co., Ltd., Корея) -цифровая 6-ти местная мешалка, независимое управление нагревом до 350°С (точность установки температуры 1°С, точность поддержания температуры ±0,5°С), независимое управление нагревом до 350°С (точность установки температуры 1°С, точность поддержания температуры ±0,5°С), перемешиванием для каждой платформы 80-1500 об/мин.; перемешиваемый объем не менее 15 л на 1 место;таймер до 99 часов 59 минут (непрерывная работа).

 

  1. Высокопроизводительный комбинированный квадруполь-времяпролетный масс-спектрометр maXis Impact (2013, Bruker Daltonik GmbH, Германия) — масс-спектрометрический блок с ионизацией электрораспылением сверхвысокого разрешения с системой жидкостной хроматографии (TermoScientific Dionex UltiMate 3000 Series) для исследований в области протеомики maXis Impact включает электроспрейный источник ионизации Appolo II, высокоточный гиперболический квадруполь, ячейку соударений для ударной диссоциации ионов, времяпролетный анализатор с системой температурной компенсации, электронные системы, шприцевой насос, программный комплекс Compass версии 1.4 для управления масс-спектрометроми системой ВЭЖХ, регистрации и обработки данных; гибридный анализатор азота NM32LA, программный пакет для протеомики Biotools 3.2 SR3, сервер MASCOT, программный пакет для протеомики ProteinScape 3.0, ионный источник CaptiveSpray, насос градиентный бинарный сверхвысокого давления с загрузочным тернарным насосом и интегрированным термостатом колонок, термостатируемый автосемплер, программное обеспечение Chromeleon CHM-2. Позволяет: обнаруживать и идентифицировать как известные соединения и их метаболиты, так и неизвестные соединения в широком диапазоне масс от 20 до 40 000 Да (лекарственные препараты, наркотики, пестициды и др.), используется для количественной оценки соединений, исследования метаболических процессов, поиска биомаркеров (ранняя диагностика заболеваний), клинической протеомики, top-down протеомики, анализа цельных белков и т.д.

 

  1. 5. Система V3 Western Workflow для блоттинга и визуализации мини-гелей (2014, Bio Rad Laboratories, США) представляет собой простую пятиступенчатую систему для оптимизации всех этапов вестерн-блоттинга: от разделения белков до количественного анализа, в том числе с использованием безокрасочной технологии. Позволяет проводить высокочувствительную гель- и блот-хемилюминесценцию, 2-D белковый гельэлектрофорез, включая DIGE и другие многоцветные дифференциальные электрофоретические методы; 1-D электрофорез белков и нуклеиновых кислот; Вестерн-, нозерн- и Саузерн-блот; квантум-дот визуализацию; мультиплексную гель- и блот-визуализацию. Доступные методы детекции: флуоресценция, хемилюминесценция, гельдокументирование, колориметрия (денситометрия).

 

  1. Модуль оптического анализа на основе конфокального сканирования Typhoon FLA 9500 Imager scanner (2014, GE Healthcare, Швейцария) — высокоточный лазерный сканер для авторадиографического, флуоресцентного и хемилюминисцентного анализа гелей, блотов для решения широкого круга задач, в том числе, связанных с молекулярно-биологическим анализом. Позволяет детектировать и анализировать образцы биомолекул, меченные изотопами и флуоресцентными красителями, в формате микроэрреев, микроплашек, 1-D и 2-D гелей, DIGE, хемифлуоресцентного сигнала, с компьютерным контролем и возможностью дальнейшей обработки получаемых данных.

 

  1. Модуль для высокопроизводительного многопараметрического анализа биообразцов lnCell Analyzer 2200 System (2014, GE Healthcare, Великобритания) — автоматизированная система для высокоскоростного многопараметрического скрининга живых клеточных культур в режиме реального времени для выполнения таких работ как: изучение клеточной жизнеспособности и пролиферации; изучение цитотоксичности химических препаратов и других агентов на клеточных культурах, включающее оценку апоптоза и клеточной гибели; детекция клеток в реальном времени: анализ клеточной адгезии и миграции; статистический анализ локализации и распределения флуоресцентно-меченых белков на живых клетках и на фиксированных препаратах.

 

  1. Программно-аппаратный комплекс для проведения лазерной микродиссекции биологических объектов с возможностью бесконтаминационного извлечения частей для последующего биохимического анализа или рекультивации на базе AXIO OBSERVER Palm MicroBeam (2013, Carl Zeiss, Германия) – лазерный диссектор, позволяющий вырезать с высокой точностью фрагменты из фиксированной, замороженной ткани, включая различные структуры, отдельные клетки и даже субклеточные структуры (органеллы, хромосомы и т.д). Все эти структуры определяются традиционными микроскопическими методами: светлое поле, темное поле, освещение поляризованным светом, фазовый контраст и флуоресценция. Кроме того, этот метод используется и для живых клеток, например, для изоляции клонов и клеток определенного типа с последующим культивированием, а также для изучения взаимодействия клеток в культуре.

 

  1. Комплект оборудования для высокоэффективной жидкостной хроматографии на базе хроматографа жидкостного LC-30 NEXERA (2014, Shimadzu, Япония) — обеспечивает возможность проведения градиентной хроматографии и спектрофотометрическую (UV/Vis), флуоресцентную и электрохимическую детекцию. Данные виды хроматографии широко используются при количественном анализе содержания различных компонетов в биологических образцах, в частности, при изучении биологических эффектов химических соединений и проведении фармакокинетических оценок новых потенциально лекарственных препаратов.

 

  1. Комплект оборудования для высокопроизводительного секвенирования ДНК без флуоресцентной детекции Ion PGM™ (2014, Thermo Fisher Scientific, США) – настольная система NGS-секвенирования на основе полупроводниковой платформы. Применяется в фундаментальных научных исследованиях (геномный анализ заболеваний человека и животных, изучение стволовых клеток, эпигеномные и метагеномные исследования, исследования древней ДНК и др.), в клинической и судебной медицине, эпидемиологии. Основные приложения: секвенирование ДНК микроорганизмов; таргетное секвенирование фрагментов ДНК; секвенирование транскриптома. С помощью Ion PGM™ можно выполнять следующие работы: секвенирование генов человека, животных, растений (от одного до сотен и тысяч генов); целевое секвенирование участков генома любого организма; поиск соматических и наследственных мутаций при онкологических исследованиях; анализ экспрессии генов и некодирующих РНК, в том числе малых РНК; преимплантационное и пренатальное генетическое тестирование; полное повторное секвенирование (ресеквенирование) геномов бактерий, вирусов и грибов (поиск SNP, структурных перестроек и вариаций копийности, полногеномное генотипирование); метагеномные исследования по последовательности 16S рРНК; анализ митохондриальной ДНК; анализ генов HLA; секвенирование геномов бактерий, вирусов и грибов de novo; анализ белок–ДНК взаимодействий (СhIP-Seq); секвенирование транскриптома (для небольших геномов).

 

  1. Термоциклер для амплификации нуклеиновых кислот CFX96 Touch (2014, Bio-rad Laboratories, США) — высокоскоростной прибор для проведения ПЦР с возможностью регистрации продуктов реакции в режиме реального времени. Решаемые задачи: ПЦР в реальном времени (до 5 красителей в одной пробирке); ПЦР с анализом по конечной точке; ПЦР без анализа результатов; анализ кривых плавления, в том числе HRM; FRET анализ; подбор оптимальной температуры проведения ПЦР. Прибор совместим с готовыми тест-системами различных производителей, а возможность использования различных красителей позволяет легко адаптировать прибор для многочисленных приложений; программное обеспечение CFX Manager позволяет проводить анализ экспрессии генов и количественную оценку генетического материала нескольких инфекционных агентов в десятках образцов; программное обеспечение Precision Melt Analysis позволяет распределять образцы по генотипам на основании анализа кривых плавления нуклеиновых кислот с высоким разрешением. Прибор имеет регистрационное удостоверение Минздрава РФ.

 

  1. Анализатор автоматический для проведения ПЦР-анализа в режиме реального времени LightCycler® 96 Instrument (2014, Roche Diagnostics GmbH, Швейцария) — высокопроизводительный прибор, позволяющий проводить различные виды ПЦР-анализа в реальном времени, включая качественное и количественное определение нуклеиновых кислот, генотипирование, анализ экспрессии генов, HRM-анализ. Инновационная оптическая система, а также конструкция термоблока LightCycler 96, гарантируют точность проведения эксперимента, температурную гомогенность и воспроизводимость результатов.

 

  1. Автоматический синтезатор ДНК ASM-800 (2002, Biosset Ltd., Россия) — высокоэффективный прибор, предназначенный для синтеза олигонуклеотидов одновременно в  8-ми колонках. Синтезатор позволяет проводить синтез стандартных и вырожденных ДНК и РНК, ДНК-РНК комплексов, фосфотиатных ДНК и олигонуклеотидов (ДНК и РНК) с различными модификациями (fluorescein, Cy 3, Cy 5, biotin, и др.) Оригинальная конструкция синтезатора позволяет выполнять синтез с минимальными расходами реактивов. ASM-800 обеспечивает синтез олигонуклеотидов в масштабе от 40 до 400 нмоль. Прибор может быть использован для синтеза олигонуклетидов с длиной до 200 мономеров.

 

  1. Система для проведения цифровой количественной амплификации нуклеиновых кислот в комплекте QX200 AutoDG Droplet Digital PCR System (2016, Bio-rad Laboratories, США) — система цифровой капельной ПЦР с автоматической пробоподготовкой и анализом результатов в программе QuantaSoft. Цифровая капельная ПЦР представляет собой третье поколение технологии ПЦР. В отличие от реал-тайм ПЦР, хорошо известного количественного относительного метода, цифровая ПЦР является абсолютным, менее чувствительным к влиянию ингибиторов, методом измерения. Система ddPCR определяет абсолютное количество молекул нуклеиновых кислот, инкапсулированных в дискретные капли водно-масляной эмульсии волюмометрическим методом. Концентрация ДНК-мишени определяется в исходном образце в виде числа копий в микролитре с чувствительностью до 1 молекулы. Метод имеет высокую воспроизводимость результатов в широком спектре концентраций. Данное оборудование необходимо для высокоточного анализа экспрессии генов (точность ±10%;); детектирования изменения числа соматических копий гена (определение CNV с точностью соотношения 1.2х), что является отличительной особенностью множества видов раковых заболеваний; высокоточного определения редких мутации (чувствительность детектирования 0,001% мутантов), что позволяет производить более чувствительную и менее инвазивную диагностику; выявления наличия опухолевых клеток при очень небольшом титре; изучения клональной гетерогенности в популяциях клеток по уровню экспрессии генов-мишеней; исследование вариабельности генной экспрессии на уровне единичных клеток; проведение miRNA анализа с более высокой точностью и чувствительностью по сравнению с RT-PCR; высокоточное изучение эпигенома, в частности характер метилирования гена-мишени и модификацию хроматина на уровне единичных клеток; детекции патогенов, определения и мониторинга вирусной нагрузки; использования в области Next generation sequencing (приготовление библиотек и квантификация для высокопроизводительного секвенирования).